ชาวเยอรมันเชพเพิร์ดมีแนวโน้มที่จะเป็นโรคหลอดอาหารขนาดใหญ่ที่ไม่ทราบสาเหตุแต่กำเนิด (CIM) เจ้าของสุนัข ซึ่งเป็นโรคที่ถ่ายทอดทางพันธุกรรมเมื่อลูกสุนัขพัฒนาหลอดอาหารที่ขยายใหญ่ขึ้นซึ่งไม่สามารถเคลื่อนย้ายอาหารเข้าไปในท้องได้